Научно-технический потенциал института позволяет на современном уровне решать смежные научно-практические задачи по заказам как отечественных, так и зарубежных организаций:
♦ проведение морских экспедиционных работ по различным направлениям (акустические, траловые, океанологические, планктонные съемки, изучение рельефа дна и грунтов);
♦ услуги по подготовке необходимой справочной информации о состоянии сырьевой базы рыболовства и условиях промысла;
♦ услуги по обеспечению промысловых судов оперативными картами распределения океанологических характеристик с указанием возможных мест локализации промысловых скоплений рыб;
♦ выполнение широкого спектра аналитических работ в области мониторинга загрязнения водоемов бассейна Балтийского моря и оценка промышленных выбросов загрязняющих веществ в водную среду и атмосферу;
♦ выполнение паразитологических анализов рыбопродукции (лаборатория паразитологии имеет аттестат аккредитации Госстандарта РФ) и оценка паразитологической ситуации в промысловых районах.
Научно-исследовательская деятельность института осуществляется в двух направлениях: биологическом и технологическом. В состав биологического направления входят подразделения, специалисты которых исследуют эксплуатируемые и перспективные объекты рыболовства, изучают среду их обитания. Институт участвует в программах международных организаций ФАО, НАФО, ИКЕС, АНТКОМ, ИККАТ, КЕСАФ и др.
