Основу материально-технической базы института составляют лаборатории, оснащенные современной исследовательской и электронно-вычислительной техникой, два морских судна, способных осуществлять экспедиции в любые районы Мирового океана, и катер, оснащенный для исследований в заливах Балтийского моря.
ЦЕНТР ВОДНЫХ БИОРЕСУРСОВ МИРОВОГО ОКЕАНА:
- Лаборатория промысловой океанологии
- Лаборатория экологии и оценки запасов промысловых популяций
- Сектор экспедиционных исследований
- Отдел научно-промысловой разведки
ЦЕНТР ВОДНЫХ БИОРЕСУРСОВ ЗАПАДНОГО РЫБОХОЗЯЙСТВЕННОГО БАССЕЙНА:
- Лаборатория Балтийского моря
- Сектор аквакультуры и пресноводных водоёмов
ЦЕНТР ТЕХНОЛОГИИ ПЕРЕРАБОТКИ ВОДНЫХ БИОЛОГИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ:
- Лаборатория общей технологии
- Лаборатория стандартизации и нормирования
- Лаборатория теплового консервирования гидробионтов
ЛАБОРАТОРНЫЙ ЦЕНТР «АТЛАНТНИРО»:
- Лаборатория радиоэкологических исследований
- Лаборатория физико-химических и бактериологических исследований
- Группа микробиологии и паразитологии
ОТДЕЛ ПРОМЫСЛОВОЙ ЭЛЕКТРОННОЙ ТЕХНИКИ МОРСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ПРОМЫШЛЕННОГО РЫБОЛОВСТВА:
- Группа промышленного рыболовства
ОТДЕЛ «РЕГИОНАЛЬНЫЙ ЦЕНТР ДАННЫХ»
ОТДЕЛ МЕЖДУНАРОДНОГО СОТРУДНИЧЕСТВА
ОТДЕЛ НАУЧНО-ТЕХНИЧЕСКОЙ ИНФОРМАЦИИ:
- Научно-техническая библиотека
- Группа оперативной полиграфии
- Сектор подготовки научных отчетов и сводных промысловых прогнозов
