В коллекционных фондах АтлантНИРО хранится более 100 000 экземпляров рыб, относящихся к более чем 1000 видам из 370 семейств. Коллекционные фонды АтлантНИРО - это результат работы многих научно-исследовательских экспедиций АтлантНИРО и Запрыбпромразведки практически во всех районах Атлантического океана и в Юго-Восточной части Тихого океана в течение последних 40 лет.
Представлены коллекции из следующих районов:
1. Районы шельфа и материкового склона:
- шельф и материковый склон Западной Африки от Гибралтара до Намибии;
- шельф и материковый склон атлантического побережья Северной Америки;
- Патагонский шельф и материковый склон;
- Атлантический сектор Субантарктики и Антарктики;
- шельф тихоокеанского побережья Чили.
2. Эпи-, мезо- и батипелагиаль:
- Северо-Западной Атлантики (35°-45°с.ш., 65°-40°з.д.);
- Северной Атлантки (30°-60° с.ш., 28°-34° з.д.);
- приэкваториальных районов (0°-20° з.д.);
- Юго-Восточной Атлантики (между 40°-20°ю.ш., 5°-10°з.д.);
- Юго-Западной Атлантики (между 45°60°ю.ш., 28°-60° з.д.);
- Юго-Восточной части Тихого океана (между 20°-45° ю.ш.,80°-100° з.д.).
3. Районы подводных поднятий (глубины до 1500м):
- Северо-Атлантический хребет (между 40°-60°с.ш., 28°-34°з.д.);
- Поднятие Роколл (к западу от Британских островов);
- Угловое подводное поднятие ( 34°35°с.ш., 48°-42°з.д.);
- подводные горы южнее Азорских островов (28°-34°с.ш., 28°-32°з.д.);
- подводные горы хребта Вавилова (10°-3°ю.ш., 0°-7°в.д.);
- подводный Китовый хребет (20°-38°ю.ш., 10°-0°з.д., 0°-5°в.д.);
- подводные горы Дискавери и Метеор (42°-50°ю.ш., 0°-5°в.д.).
Коллекционные материалы хранятся, главным образом, в полиэтиленовых 25 литровых бочатах, а также в 20 и 25 литровых стеклянных сосудах в 4-10% растворе формалина. Подготовлен для печати каталог хрящевых рыб, хранящихся в фондах сектора систематики.